三代测序技术100问（2）：PacBio 与 ONT，谁是你的长读长利器？

作为一名长期关注基因组学的科研爱好者，我一直在追踪第三代测序技术的发展动态。随着长读长测序在复杂基因组拼接、结构变异检测等领域的广泛应用，PacBio和Oxford Nanopore Technologies（ONT）这两大平台逐渐成为研究者们讨论的焦点。那么问题来了：到底该选哪个？

一、先来回顾一下三代测序的基本概念

所谓第三代测序技术，最大的特点就是单分子测序，不需要像二代那样进行PCR扩增，因此可以避免扩增偏倚带来的误差。同时，它的最大优势在于超长读长，能够轻松跨越重复区域和结构变异区域，这对组装高质量基因组至关重要。

目前市面上最主流的两家厂商分别是：
· PacBio：来自美国，主打HiFi技术
· ONT：英国公司，以纳米孔测序为核心

二、PacBio：精度高、读长长，但成本略高

去年底，PacBio推出了全球首款桌面式长读长测序平台——Vega，这款设备集成了Revio系统的全部功能，体积小巧却性能强劲，非常适合中小型实验室使用。

PacBio的核心技术是SMRT（Single Molecule, Real-Time）测序，它通过实时监测DNA聚合酶合成过程中的荧光信号来实现测序。这种技术的最大特点是：

• 读长可达50kb以上
• HiFi模式下准确率高达99.9%
• 支持表观遗传修饰检测

不过，它的劣势也很明显：
→ 成本相对较高
→ 需要专业操作人员维护

三、ONT：便携灵活、开放生态，但稳定性有待提升

相比之下，ONT走的是另一条路子——纳米孔测序。它的原理是通过测量DNA分子穿过纳米孔时电流的变化来识别碱基序列。这种方式的优势在于：

• 设备体积小，甚至可以用USB接口连接笔记本电脑
• 数据实时输出，适合现场快速检测
• 社区活跃，开源工具丰富

但早期版本的ONT也存在一些问题：
→ 原始数据准确率较低（约85%-90%）
→ 对样本质量要求高
→ 数据分析流程较为复杂

四、实际应用对比：谁更胜一筹？

为了更直观地比较两者的表现，我查阅了一些最新的用户反馈和文献资料，整理出以下对比表格：

可以看出，PacBio在精度和稳定性方面更具优势，而ONT则在灵活性和可及性上更胜一筹。

五、未来趋势：谁能笑到最后？

根据最近的行业动态来看，PacBio正在加速其本土化进程，例如贝瑞基因与其合作开发的桌面测序仪已进入临床验证阶段；而ONT也在不断优化其算法和硬件设计，力求在保持低成本的同时提高准确性。

“我们相信，未来的测序市场将是短读长与长读长并存的时代。” ——某基因科技公司研发总监

六、写在最后：如何选择适合自己的平台？

如果你是做基础科研或临床诊断，追求稳定性和高精度，那我建议优先考虑PacBio；如果你更注重便携性和灵活性，或者需要在现场快速获取结果，那ONT可能更适合你。

当然，最好的方式还是结合自身项目需求、预算和技术储备综合评估。毕竟，没有最好的技术，只有最适合的应用场景。